Aanleg natuurgebied
Na het afronden van het munitieonderzoek zijn in 2013 de eerste grote geulen uitgegraven. De grond die hierbij vrij kwam is vervolgens grotendeels verwerkt in de verhoging van dijk en de aanleg van het 300 meter brede klimaatduin. In 2014, 2015 en 2016 is nog eens veel grond verzet met het verder uitgraven van het krekenstelsel en het ophogen van de eilanden. Zo ontstonden de contouren van Waterdunen.
Het aanleggen van de broedeilanden
De eilanden zijn vervolgens afgewerkt met lagen zand. De broedeilanden in het kerngebied van Waterdunen zijn zelfs speciaal afgewerkt met vele tonnen schelpen, om zo een geschikte kraamkamer te vormen voor kustvogels. Deze klus is in juni 2017 afgerond.
Het duingebied van Waterdunen
De duinvallei waar nu kan worden gekampeerd, werd in 2016/2017 ingericht, evenals het grootste deel van de eilanden en schiereilanden waar de vakantiewoningen een plekje krijgen. Alles is ingeplant met typische duinbegroeiing zoals helmgras en wilgenschermen zijn geplaatst om de ergste verstuiving tegen te gaan.
