Financiering
Waterdunen is een omvangrijk project, waar alle partners een financiële bijdrage aan hebben geleverd. De totale investering bedraagt ongeveer 200 miljoen euro. Het Rijk betaalde het kustversterkingsdeel wat door Waterschap Scheldestromen is uitgevoerd, Molecaten financiert de verblijfsrecreatie, Provincie Zeeland investeert in de natuurontwikkeling en de toegankelijkheid daarvan, stichting Het Zeeuwse Landschap levert een bijdrage aan de vogelkijkvoorzieningen en recreatieve beleving van Waterdunen, beheert de aangelegde natuur en realiseert het project Kustlaboratorium binnen Waterdunen.
Grondexploitatie
Voor Waterdunen is een grondexploitatie opgesteld. Tegenover de geraamde kosten staan voldoende inkomsten. Inkomsten komen voor een belangrijk deel uit Rijksbijdragen. De kustversterking wordt geheel uit het Hoogwater-beschermingsprogramma bekostigd. Het kabinet heeft uit het Nota Ruimte Budget een bijdrage van 18 miljoen euro toegezegd. Omdat Waterdunen bijdraagt aan het natuurherstel van de Westerschelde is voor de financiering van het project ook een beroep gedaan op de gelden voor het Natuurpakket Westerschelde.
Steun uit Europa
Naast inkomsten uit gelden van het Nota Ruimte Budget en Natuurpakket Westerschelde heeft Waterdunen ook steun gekregen vanuit andere regelingen. Deze worden hieronder benoemd en toegelicht.
Natura People
Verschillende lokale en internationale partners werken samen aan de ontwikkeling, bescherming en het beheer van Natura 2000 gebieden langs de Zuidelijke Noordzeekust. Binnen het Europese Interreg programma is het project Natura People ontwikkeld. De betrokken partners zijn de Royal Society for the Protection of Birds, Provincie Zeeland, Provincie West Vlaanderen en Natuur-en recreatieschap de Grevelingen.
Natura People werkt aan een internationaal netwerk om de bekendheid en waardering van Natura 2000 gebieden te vergroten. Ook worden bezoekerscentra opgezet of verbeterd. Hierdoor zal het toerisme in de projectgebieden toenemen. Onder de projectgebieden vallen het Zwin in (Zeeuws) Vlaanderen, Waterdunen en Minsmere, een natuurreservaat in Suffolk. Ook stimuleert Natura People internationale kennisdeling tussen de beheerders van de gebieden.
Interreg
Het Interreg Community Initiative is een Europees programma dat zich inzet voor grensvervaging in Europa. De Europese Unie betaalt de Interregprojecten. Natura People is onderdeel van Interreg en komt uit het programma '2 Zeeën'. Interreg probeert de samenwerking tussen regionale gebieden in verschillende landen te bevorderen. De organisatie wil de economische en sociale samenhang in de hele EU versterken.
OP-Zuid
Provincie Zeeland heeft 1,8 miljoen subsidiegeld gekregen uit het programma OP-Zuid (Operationeel Programma Zuid-Nederland) voor de aanleg van de getijdenduiker in de dijk bij 't Killetje. Met deze cofinanciering uit OP-Zuid heeft de provincie in overleg met alle betrokken partijen besloten de aanleg in de tijd naar voren te halen.
OP-Zuid is een gezamenlijk subsidieprogramma van de provincies Limburg, Noord-Brabant en Zeeland, samen met de steden Breda, Tilburg, 's-Hertogenbosch, Eindhoven, Helmond, Venlo, Sittard-Geleen, Heerlen en Maastricht voor activiteiten die medegefinancierd worden uit het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling (EFRO). OP-Zuid heeft als voornaamste doelstellingen de bevordering van het concurrerend vermogen, een duurzame economische groei en een versterking van de werkgelegenheid in Zuid-Nederland.