Estuariene natuur
In Waterdunen bepaalt het getij de natuur. Door de constante wisseling van hoog en laag zout water, ziet het landschap van schorren, kreken, zand- en slikplaten er ieder uur anders uit. Door het gedempt getij ontstaat er estuariene natuur, groeien zoutminnende planten op de schorren en ontstaan er zilte graslanden. Dit bijzondere gebied tussen land en zee maakt rond het Kustlaboratorium ook de innovatieve teelt en proeven met de kweek van zilte groenten en (schelp)dieren mogelijk.
Ontstaan van ander planten en fauna
Door het getij groeien zoutminnende planten op de schorren en ontstaat er zilte graslanden. In de nazomer levert dat een beeld op van prachtige paars gekleurde velden van zeeaster en rode zeekraaloevers. Waterdunen is een jong gebied, voor planten is het daardoor ook pionieren. Sommige planten vestigen zich permanent, anderen verdwijnen naar verloop van tijd juist weer.
In Waterdunen is het gedempt getij geregeld, waardoor de grens van zout naar brak en van brak naar zoet vast ligt. Dit zorgt ook ervoor dat zoete en zoute planten dicht bij elkaar te vinden zijn. De verwachting is dat Waterdunen een divers landschap wordt met een rijk pallet aan plantensoorten.
Aanleg kwelsloot
Rondom het gebied is een kwelsloot aangelegd, deze kwelsloot voorkomt dat het zoute water doorsijpelt naar het zoete grondwater buiten Waterdunen. Het water in de kwelsloot wordt door het nieuwe gemaal 'Nieuwe Sluis' naar de Westerschelde gepompt. In en aan de buitenkant van Waterdunen zijn peilbuizen in de grond aangebracht om onder andere de kwaliteit van het grondwater periodiek te controleren.