Estuariene natuur
In Waterdunen bepaalt het getij de natuur. Door de constante wisseling van hoog en laag water, ziet het landschap van schorren, kreken, zand- en slikplaten er ieder uur anders uit. Door het getij ontstaat er estuariene natuur en groeien zoutplanten op de schorren en ontstaan zilte graslanden. Dit bijzondere gebied tussen land en zee maakt ook de innovatieve teelt van zilte groenten en aquacultuur mogelijk.

Ontstaan van ander planten en fauna
Door het getij zullen er zoutplanten op de schorren groeien en zilte graslanden ontstaan, met in de nazomer prachtige paars gekleurde zeeastervelden en rode zeekraaloevers. Dit bijzondere gebied tussen land en zee maakt ook de innovatieve teelt van zilte groenten en aquacultuur mogelijk.
Nog in ontwikkeling
Waterdunen is een jong gebied. Hier zijn vaak vele soorten planten te vinden, omdat het nog in een overgangsfase zit van zoet naar zout water. Ook voor de planten is het nog pionieren. In Waterdunen is het gedempte getij geregeld, waardoor de grens van zout naar brak en van brak naar zoet vast ligt. Dit zorgt ervoor dat zoete en zoute planten dicht bij elkaar te vinden zijn. Sommige planten vestigen zich permanent, anderen verdwijnen. De verwachting is dat Waterdunen een divers landschap wordt met een rijk pallet aan plantensoorten.

Aanleg kwelsloot
Rondom het gebied is een kwelsloot aangelegd die voorkomt dat het zoute water doorsijpelt naar het zoete grondwater buiten Waterdunen. Het water in de kwelsloot wordt door het nieuwe gemaal 'Nieuwe Sluis' naar de Westerschelde gepompt. Aan de buitenkant van Waterdunen zijn buizen in de grond aangebracht om de kwaliteit van het grondwater te controleren.