Estuariene natuur
In Waterdunen bepaalt het getij de natuur. Door de constante wisseling van hoog en laag water, ziet het landschap van schorren, kreken, zand- en slikplaten er ieder uur anders uit. Door het getij ontstaat er estuariene natuur, groeien zoutplanten op de schorren en ontstaan er zilte graslanden. Dit bijzondere gebied tussen land en zee maakt ook de innovatieve teelt van zilte groenten en aquacultuur mogelijk.
Ontstaan van ander planten en fauna
Door het getij groeien zoutplanten op de schorren en ontstaat er zilte graslanden. In de nazomer levert dat een beeld op van prachtige paars gekleurde zeeastervelden en rode zeekraaloevers. Waterdunen is een jong gebied, voor planten is daardoor ook pionieren. Sommige planten vestigen zich permanent, anderen verdwijnen.
In Waterdunen is het gedempt getij geregeld, waardoor de grens van zout naar brak en van brak naar zoet vast ligt. Dit zorgt ook ervoor dat zoete en zoute planten dicht bij elkaar te vinden zijn. De verwachting is dat Waterdunen een divers landschap wordt met een rijk pallet aan plantensoorten.
Aanleg kwelsloot
Rondom het gebied is een kwelsloot aangelegd, deze kwelsloot voorkomt dat het zoute water doorsijpelt naar het zoete grondwater buiten Waterdunen. Het water in de kwelsloot wordt door het nieuwe gemaal 'Nieuwe Sluis' naar de Westerschelde gepompt. Aan de buitenkant van Waterdunen zijn buizen in de grond aangebracht om de kwaliteit van het grondwater te controleren.