Voorbereiding
Nadat in 2012 genoeg grond was aangekocht, moest het gebied eerst worden opgeruimd. Het terrein van de voormalige camping Napoleon Hoeve werd leeggehaald en huisaansluitingen en de doorgaande ringleiding van gas, water, elektra, riool en telecommunicatie zijn omgelegd. Doorgaande wegen en waterlopen werden omgeleid. Onontplofte oorlogsresten zijn uit de bodem gehaald en er is archeologisch onderzoek uitgevoerd. Bij het werk moest rekening worden gehouden met de bijzondere flora en fauna. Ook zijn de grondwaterhuishouding en de bouwkundige staat van de omliggende woningen en wegen in kaart gebracht, om de nul-situatie vast te leggen.
Ruimen Napoleon Hoeve
De zeedijk moest zowel worden verhoogd als verbreed, met als gevolg dat de camping Napeleon Hoeve moest wijken.
Kabels en leidingen, riolering
In het gebied van Waterdunen liepen diverse kabels en leidingen langs wegen en naar woningen. Een groot deel daarvan is omgelegd.
Waterhuishouding, wegen en parkeerplaatsen
Dwars door het opnieuw in te richten gebied lagen verschillende afvoersloten. De nieuwe route naar de kust tussen Breskens en Groede en twee parkeerplaatsen zijn aangelegd.

Oorlogsresten
Eind 2012 is in bijna het hele plangebied van Waterdunen een onderzoek begonnen naar Opsporing Onontplofte Oorlogsresten (OOO).

Archeologie
Voordat de bouwwerkzaamheden begonnen, zijn er eerst op verschillende locaties in Waterdunen archeologische onderzoeken uitgevoerd.

Bijzondere flora en fauna
Ter voorbereiding van de werkzaamheden zijn de flora en fauna van het gebied onderzocht.

Monitoring
In het kader van de MER Waterdunen is onderzoek gedaan naar de hydrologische impact van Waterdunen op de waterbeheersing.
